Diese Ausprägung der Theologie geht auf die Reformationszeit im 16. Jahrhundert zurück. Theologen wie Zwingli in Zürich, Luther in Deutschland und Calvin in Genf sagten sich damals vom Papst los. Sie vertrauten darauf, dass der einzelne Mensch selbst imstande ist, die Bibel richtig auszulegen. Dazu war er zwar auf die Hilfe des heiligen Geistes, aber nicht auf die Hilfe eines Priesters angewiesen. Mit dieser Unmittelbarkeit von Gläubigem und Gottes Wort revolutionierten die Reformatoren nicht nur die Theologie, sondern auch die Kirche.
Ganz allgemein trieben die Reformatoren Theologie wieder stärker als praktische Wissenschaft, nachdem sie im Spätmittelalter immer mehr zur spekulativen Wissenschaft geworden war. Bei Luther zum Beispiel ist Theologie praktisch in dem Sinne, dass sie ganz auf die Zueignung des Heils durch Gott, also den praktischen Vollzug des Glaubenslebens bezogen war.
Seit der Aufklärung wird evangelische Theologie in der Regel als Wissenschaft betrieben, die dem Glauben bzw. der Religion gegenüber nachgelagert ist. Theologie versucht also nicht mehr, einen spezifischen Glauben aus allgemeinen, absolut gültigen Prinzipien abzuleiten. Der Glaube ist vielmehr etwas Vorfindliches; die Theologie versucht dann, die innere Logik dessen zu verstehen und plausibel zu machen, was uns – zum Beispiel – im evangelischen Glauben begegnet. In diesem Zugang gründet die Wissenschaftlichkeit der Theologie und damit ihr Platz an staatlichen Universitäten.
