Ein Studium der Theologie ist unterteilt in ein Bachelor- und einen Masterstudiengang, die entsprechend mit dem Titel "Bachelor of Theology" und dann dem Titel "Master of Theology" abgeschlossen werden. Es handelt sich dabei um ein Integralstudium ohne ein zusätzliches Nebenfach (180 bzw. 120 ECTS Punkte).

Die Studiengänge sind in verschiedene Module gegliedert. Dazu gehören Altes Testament, Neues Testament, Kirchengeschichte, Systematische Theologie (Dogmatik und Ethik), Praktische Theologie, etc. Für jedes Modul wird eine bestimmte Anzahl an Kreditpunkten verlangt. Gesammelt werden diese in Vorlesungen, Seminaren und Übungen. Hinzu kommt je eine längere Abschlussarbeit für das Bachelor- und das Masterstudium (die Bachelorarbeit besteht in Bern aus drei Teilen: zwei Proseminararbeiten sowie einer Seminararbeit zu einem frei wählbaren Thema).

Für ausführlichere Informationen siehe die Studienordnungen und entsprechenden Wegleitungen der verschiedenen Fakultäten.

Ausserdem kann in Zürich und Basel Theologie in Kombination mit einem weiteren Studienfach im Haupfach (Major) belegt werden (120 bzw. 90 ECTS). In Bern wählt man stattdessen das Fach ‚Interreligiöse Studien/Religious Studies'. Hier schliesst man mit einem Bachelor / Master of Arts ab. Das Hauptfachstudium Theologie/Interreligiöse Studien bzw. Religious-Studies ermöglicht z.B. die Absolvierung der Höheren Lehramtes (GymnasiallehrerIn im Fach Religion). Ebenfalls kann Theologie an allen drei Fakultäten im Nebenfach (Minor) gewählt werden.

Einige Fakultäten bieten zudem berufsbegleitende Studiengänge, bzw. die Möglichkeit eines Nachdiplomstudiums in Theologie an.